88年7月1日，前臺灣省政府農林廳廳本部於精省後改隸為行政院農業委員會中部辦公室，前臺灣省政府糧食處改隸為行政院農業委員會第二辦公室。93年1月30日，為配合臺灣省政府功能業務與組織調整第一階段完成後，所進行各部會地區辦公室及改隸機關組織作業，將農委會原農糧處與中部辦公室及第二辦公室等單位之業務整併，成立農糧署，並為應地區農業發展需要，將農委會原北、中、南、東四區糧食管理處改隸為農糧署之分署。
