88年7月1日，前臺灣省政府農林廳廳本部於精省後改隸為行政院農業委員會(以下簡稱農委會)中部辦公室，前臺灣省政府糧食處改隸為農委會第二辦公室。93年1月30日，為配合臺灣省政府功能業務與組織調整第一階段完成後，各部會地區辦公室及改隸機關組織作業，將農委會原農糧處與中部辦公室及第二辦公室等單位之業務整併，成立農糧署，並為應地區農業發展需要，將農委會原北、中、南、東四區糧食管理處改隸為農糧署之分署。 112年8月1日，農委會改制農業部後，本署爰配合機關改制為農業部農糧署。
