本分署由分署長及副分署長、秘書帶領之下，共分為作物生產課、農業資材課、運銷加工課、糧食儲運課、糧食產業課、主計室、政風室、人事室、秘書室等課室，並於台中及雲林分別設立台中辦事處及雲林辦事處，於當地提供服務。