本分署由分署長及副分署長、秘書帶領之下，共分為綜合企劃科、園藝產業科、稻作產業科、雜糧特作科、農業資源科、主計室、政風室、人事室、秘書室等科室，並於台中及雲林分別設立臺中辦事處及雲林辦事處，於當地提供服務。